TICKET BAI (TicketBAI); Nuevo sistema de la Agencia Tributaria del Pais Vasco

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de todas formas espinete, creo que en tu caso lo que pasa que ticketbai se está liando con esto:
- Envió una factura ordinaria #25
- Rectificó dicha factura, #1R
- Envió un tícket (simplificada) #25D
- Rectificó dicho tícket: #2R

y no tiene nada que ver con poder hacer facturas en negativo, siendo rectificativas o no.
Tienes los xml de envío y respuesta de cada registro que envías a ticketbai?
Podrías ver, cuando enviaste la factura rectificada 1R, si indicabas a quien estabas rectificando, y que datos.
Y lo mismo para el envío de la factura 2R, y comparar a ver que datos has enviado en el caso de 1R y 2R