Aplicación Escritorio Multiempresa y certificados de apoderamiento

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Buenas tardes, estamos teniendo dudas con la facturación de multiempresas y los certificados. En un principio estábamos pensando en enviar las facturas 1 a 1 pero eso ya quedó descartado viendo el tiempo de envío y que se podían acumular las facturas. Tenemos una aplicación de escritorio multiempresa pero en clientes que tienen facturando 6 empresas por ejemplo, alguna en el sii y otras no, estábamos pensando en el certificado de apoderamiento porque son servidores que nosotros no mantenemos y no queremos utilizar un certificado de la empresa, entre otras cosas porque sea el cliente el que gestione su certificado. Hay varios aspectos que estamos pensando:

1- todas las empresas se tienen que enviar con el mismo certificado, no puedes agrupar empresas por cif y enviar con cada certificado porque si facturas mucho, al agrupar, seguramente el primer grupo entre en tiempo, el segundo quizá pero en el tercer grupo seguramente empiece Hacienda a quejarse por los 120 segundos, si no estoy equivocado.

2- Por este tema nos decantamos por el certificado de apoderamiento que Hacienda ya me contesto a una pregunta con lo siguiente:
"Los apoderamientos correspondientes a la remisión de los registros de facturación aun están en tramitación, por lo que no le podemos concretar cual sería en concreto del listado de apoderamientos existentes."

3- Pensaba que las autofacturas en las que el cliente liquida a un socio, propietario o lo que sea se podrían facturar con el cif del cliente con alguna opción en verifactu ( la verdad que no sabía porqué pensaba eso ) pero preguntando a Hacienda ya directamente hay que hacerlo también con un certificado de apoderamiento o con el de colaborador social ( nosotros ) pero no estamos por la labor.

4- Vamos a crear una base de datos donde irán todas las facturas de todas las empresas y esa será la base de datos que no se podrá modificar.

5- Si no estoy equivocado los certificados tienen que estar instalados en el sistema operativo, no hay opción de utilizar un certificado mediante un archivo de certificado sin instalar, por preguntar

Os comento por si alguno estáis con este tipo de aplicación y piensa funcionar de modo distinto y me abre el cielo a nuevas opciones.

un saludo a todos