Hola, prueba algo así, en vez de alias es mejor esto
subject.contains:XXXXXXXX donde XXXXXXXXX es el cif,nif,o nie del certificado, y así no va a fallar.
Pero no sé si falta o sobra algo. De momento no voy a trabajar en las firmas. Pero creo que te faltan las politicas de firma tambien:
Código:
AutoFirmaCommandLine.exe sign -i c:\...\Fichero_vfactu_3_2-1-110.xml -o c:\...\Fichero_vfactu_3_2-1-110.xml.sign -format facturae -store pkcs12:"C:\...\fichero.pt2 o fichero.pfx" -password pepito -filter subject.contains:A29XXXXX -format xades -xml -config "format=XAdES Enveloped \npolicyIdentifier=urn:oid:2.16.724.1.3.1.1.2.1.9 \npolicyIdentifierHash=Dkx2R3nMv8kWo7iSAh+/1SQ70hfseOEaQbpJnURk+pg= \npolicyIdentifierHashAlgorithm=http://www.w3.org/2001/04/xmlenc#sha256 \npolicyQualifier=https://sede.administracion.gob.es/politica_de_firma_anexo_1.pdf"
Si te funciona mandalo a verifactu el firmado a ver si es aceptado y despues al correo verifactu para que te lo corroboren, aunque es dificl que funcione a la primera, no tengo ahora el autofirma instalado y no he visto resultados.