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¿Has ejecutado el script directamente desde la línea de comando?
Crea un bat que contenga la línea que deseas y una pausa

Código:
Crea_BD.Bat
-----------
C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.5\bin\mysql.exe -uroot -p1234 < Ejemplo.Sql
PAUSE
Posibles errores que podrías ver:

- No se encuentra C:\Program
Deberás poner todo entre comillas para que CMD lo entienda como una sola "palabra".
Código:
"C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.5\bin\mysql.exe" -uroot -p1234 < Ejemplo.Sql
- mysql se queje de usuario y contraseña

- mysql no esté donde indicas, sinó en otra carpeta

- Error en las sentencias utilizadas para crear la base de datos. (quizás falta un commit?)
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