Impedir la visualización de otros ficheros en el servidor

[slider]

Hola aunque ya paso tiempo de tu pregunta, por si ayuda a otra persona te cuento que normalmente yo hago un archivo del tipo funciones.js.php

dentro del archivo coloco
<?PHP
session_name("arearestringida".date('Ymd'));
session_start();

if ((!defined('_CONSTANTE_')) || ($_SESSION["aut"] != "si")){
header("Location: salir.php?salir=true");
}else{ ?>
<script type="text/javascript">
todos las funciones javascript aqui()

</script>
<? } ?>

Finalmente te queda hacer un include "funciones.js.php"; en el archivo que tenes pensado utilizarlas.

No olvides definir la constante también en ese archivo que haces el include o bien en el index!

Esto mismo te sirve para los css

Suerte.