Pues depende, como siempre
En este caso depende principalmente de dos factores, el sistema operativo y el procesador de la máquina.
En general, para windows debe ir mejor la classic y para linux la superserver.
Sin embargo, en linux, si hay varios procesadores (o uno de los nuevos "dual core"), entonces es mejor la classic.
Pensando en una empresa con un servidor donde está instalado firebird y al que acceden todos los clientes, por experiencia, te recomiendo "superserver" si hay un sólo procesador y "classicserver" si hay más de un procesador. Esto es siempre con linux, porque desde que hice las primeras pruebas con windows, hace años, deseché los productos de microsoft como servidor, por la diferencia tan abismal entre ambos: velocidad, seguridad, estabilidad, etc.
Aquí tienes un enlace (en pdf) a unas breves diferencias y recomendaciones entre ambas versiones de firebird.