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Chris Va por buen camino
No soy un experto en Linux, pero he aprendido mucho con el pequeño servidor que he instalado acá en la oficina.

Utilizando Ubuntu Server (sin interfaz gráfica), me he venido dando cuenta que muchas de las tareas que yo antes consideraba eran más difíciles de hacer en Linux, realmente no lo son. Por ejemplo, instalar programas, es muchísimo más fácil que hacerlo en Windows, sólo con un "sudo apt-get install mysql-server" tendrás un servidor mysql listo para usarse.

Con respecto a la configuración y el sistema, de que en Windows está distribuida entre C:\Archivos de Programa y C:\Windows es también otra se las razones por las cuales amo ahora más a Linux. Te explico esto. En Linux el directorio exclusivo de las configuraciones está en "/etc", por convención, todas reciden ahí. Los ejecutables, creo que están en "/bin" y "/usr/share/bin". Sobre la ubicación de los ejecutables, aún no lo domino perfectamente, pero bueno, ahora te explico el por qué Linux es superior, también, en este aspecto. Si sucede algo y tienes que reinstalar todo el sistema, puedes mantener todas tus configuraciones a salvo si "/etc" era una partición separada, lo cual es imposible en windows, ya que no todo es parte de una misma partición.

Como punto final, a menos que vayas a desarrollar con asp, te recomiendo Linux como plataforma, porque te darás cuenta que existe, que en lo se refiere a desarrollo web muchisima más documentación einformación para Linux de la que existe para Windows, y no estoy mintiendo, te lo digo por experiencia.

Saludos.
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