Hola.
Lo que describes es un comportamiento muy atípico...
De todos modos, para limpiar el buffer del mouse podes hacer uso de la función
PeekMessage (mas información:
about mouse input).
Código PHP:
{
MSG msg = {0};
while (PeekMessage(&msg, 0, WM_MOUSEFIRST, WM_MOUSELAST, PM_REMOVE | PM_NOYIELD)) {};
}
Saludos