No he entendido bien, dices que quieres ordenar por fecha, pues cambias c1.id por c1.fecha:
Código SQL
[-]Select c1.id, c1.fecha, c1.cliente, c1.DEBE, C1.HABER,Sum(C2.DEBE-C2.HABER)as SALDO
from CTACTE C1
inner join CTACTE C2
on (C1.id >= C2.id)
where (c1.cliente = :cli and c2.cliente = :cli )and c1.fecha >= :f
Group By c1.fecha,c1.id, c1.cliente, c1.DEBE, C1.HABER
Order by c1.fecha