modificar un programa sin afecte a la aplicacion

[identsoft]

Hola a todos.
tengo una misma aplicacion instalada en varios clientes. Lo que sucede es que a veces, algún cliente me pide modificaciones solo para él, p.e. un determinado listado con una características especiales que solo sirven a un cliente, pero me obliga a modificar el menu general para poder llamarlo.
Mi pregunta es ¿se puede modificar un programa para un cliente sin que afecte al resto de la aplicación?.
Por ejemplo, una idea (teórica, no se si real): ¿se podría crer una nueva carpeta donde estarian solo las modificaciones de ese cliente y que compilara conjuntamente con la carpeta original?. De tal forma que si un cliente no tiene modificaciones se compila desde la carpeta original y si ese cliente tiene modificaciones se compila utilizando las dos carpetas, la carpeta original y la carpeta que contiene las modificaciones.
Si se puede como habría que hacerlo?
Si no se puede ¿como podría resolver este problema?
Gracias y perdón por si no he sabido expresarme correctamente.