Configuracion de un Software

[mamcx]

Empezado por Rc96

sistema de inventario y quiero hacer del sistema lo mas flexible posible en cuanto a las configuraciones de manera que no se tenga que modificar el codigo cada vez que se necesite modificar algun parametro (Al menos que sea muy necesario o un cambio muy drastico).

Si realmente estas buscando flexibilidad, archivos de configuracion se quedaran cortos rapido. Si quieres algo dinamico, usas la BD y/o un lenguaje de scripting integrado, como https://www.tcl-lang.org/, que esta hecho para este exacto caso de uso. Otra opcion es Lua, que tambien es trivial de integrar.

Empezado por Rc96

saber de que forma le dan seguridad a estos archivos u otros similares

De la misma que se asegura cada cosa: Tienes que tener claro que es lo que aseguras, porque, y usar las APIs adecuadas, que NO TE INVENTES TU. Por ejemplo

https://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms995355.aspx

Ahora bien, que es lo que quieres proteger?