Conciliación bancaria

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Primero tienes que saber en qué formato envía el banco la información o si ya la tienes en tu sistema. Existe documentación que especifica el formato de los ficheros que se intercambian (SEPA norma 43 si es un formato normalizado).
Después tienes que hacer una carga de esos ficheros que envía el banco o recuperarlos de tu sistema.
También necesitas los asientos contables a conciliar.
A continuación debes realizar la conciliación o bien de forma automática (buscando importes y fechas coincidentes) o bien de forma manual por el usuario.

En internet puedes encontrar programas que ya lo hacen de los que por lo menos puedes ver como estructuran la interfaz, de algunos hasta hay pequeños manuales de uso que te pueden inspirar.