Esta es una decisión muy importante, y depende básicamente del alcance que querras dar a los sistemas.
Para mi, la mejor base de datos es Oracle, indiscutiblemente. Pero es muy cara, asi que no es para medianas o pequeñas empresas. Para estas, yo regularmente me decido por el ya mencionado firebird. Estable, robusto, multiplataforma, Open Source..
Lo que siempre trato de evitar, es el uso de SQL Server y Access. Claro, el cliente siempre tiene la razón.
Hasta luego.
pd. Si te decidis por firebird, no veo ninguna razón para usar otra versión que no sea la última oficial (1.5.1)