Bien, veo que mi propuesta va ganando adeptos
También hay que tener en cuenta que en mi caso sólo usamos servidores linux y si estuviesen en directorios distintos tendría que estar compartiéndolos por samba y sería una puerta abierta a que cualquiera pueda entrar y borrarlos o moverlos de sitio y luego... a ver quién los encuentra.
Además es una opción que funciona muy bien tanto en linux como en windows (para quien quiera seguir usando un "servidor" windows) ya que sólo es un archivo más, fácil de controlar, copiar, etc.
En fin, que eso de tener miles de ficheritos repartidos por distintos directorios y que sean accesibles por cualquiera desde fuera... no me hace ninguna ilusión.