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Así, sólo con la SQL es bastante difícil saber dónde puede estar el problema.
Lo primero sería que comentaras con qué motor trabajas (esto por situarnos), luego lo suyo sería que intentarás acceder al PLAN DE EJECUCIÓN de la consulta. Si supueramos el gestor y kla herramientas que estás utilizando podríamos decirte cómo obtenerlo.
Una vez visto el plan, deberías poder saber qué parte de la consulta está tardando más de la cuenta. El SELECT, la INSERCIÓN (triggers), las ORDENACIONES, el GROUP BY, la SUBSELECT,...
Y una vez que sepas la parte que está tardando podrás intuir qué es lo que hay que optimizar.
Imagino que tienes definidas PK's, índices,...
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