[Casimiro Notevi]

Está muy bien esa solución.

Aunque para estas cosas no sé yo si vale la pena, me explico: si tiene que subir 1000 archivos entonces tardará según el ancho de banda que tenga. Si usa hilos lo único que se consigue es que en lugar de subir un archivo a, por ejemplo, 1 mega, subirán 2 a medio mega, 4 a un cuarto de mega, etc. o sea, que no se reducirá el tiempo. Es por lo que personalmente prefiero subir uno a uno, ya que el tiempo para subirlos no va a mejorar, así que no lo encuentro muy necesario.
Es sólo una preferencia personal.

Tengo algunos programitas que hacen eso, por ejemplo, uno de ellos sube imágenes casi diariamente (por FTP) a una web, son imágenes pequeñas (10 a 50 Kb), aunque son muchas (alrededor de 20 ó 30 mil) y lo hace una a una. Por supuesto, envía una cuando ha acabado con otra, no se intenta enviar todas al mismo tiempo, que es el problema que no ha controlado JAI_ME.

De todas formas, la solución propuesta nlsgarcia es excelente.