El código que has puesto lista todas las ventanas que hay visibles en el sistema.
A partir del handle de cada una (que ya lo tienes ahí) puedes ocultar y mostrar las que desees.
Por ejemplo, si usas un Edit y escribes uno de los handles de esa lista, un código como este te hará lo que comento.
Código Delphi
[-]
var
h:HWND;
begin
h := StrToInt(Edit1.Text);
ShowWindow(h, SW_HIDE);
Sleep(4000);
ShowWindow(h, SW_SHOW);