Yo evaluaría los cambios de forma que puedan ser compatibles con la producción del programa que llevas actualmente.
Es decir, si se pudiera extraer ese módulo, por ejemplo utilizando packages o librerías adelante y puedes integrar código (utilizando condicionales/defines, por ejemplo) también puede ser viable aunque te va a complicar más la programación.
En cualquier otro caso yo me lo pensaría mucho y si lo haces lo evaluaría como un diseño nuevo, puesto que a partir de ese momento tendrás 2 programas distintos; Deberás duplicar TODO el proceso.
Difícil concretar más sin saber cómo son esas modificaciones. ;-(
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