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Hay distintas formas de hacerlo, depende de lo que necesites, puedes hacer algo sencillo o un sistema más completo y complejo.
Puedes guardar en una tabla la versión/subversión de la misma y tu programa, al conectar con la BD, verifica esa versión y actúa en consecuencia.
También puedes tener un programa externo para las actualizaciones, que básicamente le indicas la BD a conectar (o busca todas las que estén en el directorio), va comparando y ejecutando sentencias para convertirla a la última versión.
Las sentencias pueden estar en una BD que va junto al programa de actualización, con los campos habituales: "id, fecha, usuario creador, numero, sentenciasql"
También puedes usar un script en lugar de una BD.
En fin, las opciones son muchas y depende mucho de las necesidades de cada uno.
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