[Neftali [Germán.Estévez]]

No se.
Es que yo tampoco he entendido muy bien lo que pides, por eso estaba "elucubrando"...

Lo normal cuando actualizas una aplicación que se está ejecutando es:

0) Comprobar si existe versión nueva de la aplicación.
1) Cerrar la aplicación (si se está ejecutando).
2) Copiar el nuevo ejecutable en el mismo lugar.
3) Relanzar la aplicación.

Para el punto (0) hay varios códigos como los que te hemos pasado.
Lo que no acabo de entender es el proceso que estás utilizando...

Y en el caso de que una aplicación se deba actualizar "a si misma", lo más fácil es utilizar una segunda aplicacción (Launchar/Updater) que hace el trabajo con el esquema anterior.