Interbase no es exactamente igual que Firebird, lo comento porque con Firebird puedes consultar una base de datos externa.
De todas formas, de la forma en que lo haces también es perfectamente posible.
Debes hacerlas totalmente independiente, cada una con su conexión, transacción, dataset, etc. y luego puedes recorrer ambas e ir añadiendo los registros a un clientdataset, por ejemplo.
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