En principio debe poderse, aunque si están instaladas ambas versiones en modo "servicio" y tienen el mismo nombre... supongo que tendrías que cambiarle el nombre a uno de ellos.
De todas formas, no entiendo para qué quieres tener las 2 versiones juntas.
Con el fb2.5 instalado debes hacer un backup transportable.
Luego desinstalas fb2.5 e instalas fb3, haces el restore y listo.
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