Hay muchas razones por las que puede ocurrir un error en el ApplyUpdates. Lo que toca, regularmente, es montarse un manejador del evento OnReconcilieError y encargarse precisamente de eso, se la reconciliación de errores.
Si resulta válido, podes usar también un formulario de reconciliación de errores donde el usuario decida que hacer en cada caso (poco recomendable, pero válido).
De hecho, delphi trae ya un formulario prediseñado para estos casos, que lo podes crear en tu aplicación yendo a File/New/Other/Dialogs y seleccionando la opción: ReconcilieErrorDialog.
La unidad que crea tiene un procedimiento llamado HandleReconcilieError que debes llamar desde tu manejador del evento, pasando los parámetros de este mismo. Ya esta rutina se encarga de crear el formulario, presentarlo al usuario y dar el tratamiento elegido por este a los errores.
Hasta luego.