Te repito que no dependerá de tu aplicación. En todo caso, investigá sobre las capacidades del webserver que usas... aunque creo que ninguno se quedará ejecutando código para un cliente que prefirió irse... sobre todo si el proceso es largo.
Te sugiero mejor pensar en otras alternativas... si necesariamente la aplicación que lanza el proceso tiene que terminar, podrias lanzar una segunda aplicación que se quede en espera...
Hasta luego.
