Hay herramientas que permiten encriptar un fichero ejecutable, para evitar lo que comentas.
Lista (antigua) con algunos crypters, que hace tiempo publiqué en los foros. Seguramente la mayoría no funcionan o no son fiables, pero hay algunos que se pueden usar sin problemas. También puedes buscar soluciones comerciales (que las hay y muy buenas):
Lista de cripters