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Creo que la opción del Script es la mejor.
Por otro lado tienes herramientas que te permiten generar éstos Scripts de forma automática; Te comparan dos Bases de Datos, A/B y que generan el Script para actualizar A y dejarla como B (revisa herramientas de comparación en Internet); TAl vez eso te facilite el trabajo y te evite posibles errores.
Para diferentes versiones puedes utilizar diferentes Scripts, de forma que un cliente que tenga que actualizar varias versiones deba lanzar varios Scripts (en orden, por supuesto).
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