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Yo le vengo dos ventajas:
1- que la lectura del disco es más rápida al ocupar menos.
2- que quieras "esconder" algo y ponérselo más difícil al hacker de turno que quiera "destripar" tu ejecutable.
La primera ventaja sirve de poco porque con la velocidad de los discos de hoy en día ni se nota la diferencia y la segunda ventaja tampoco tiene mucha importancia porque el ejecutable no podrá "mirarlo", pero una vez cargado en memoria con cualquier editor hexadecimal podrá verlo, ya que en memoria se ha "descomprimido" y está en un modo "normal".
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