Supongo que el tema de la sincronización se podría hacer utilizando un FTP. Alguna vez ya hemos hablado en los foros de aplicaciones de este tipo. Se trata de que las aplicaciones cliente, cada cierto tiempo (o cuando tengan conexión -en tu caso-) escriban o lean datos de un FTP y sincronizen la Base de Datos.
Igual para la central en el caso de que las aplicaciones clientes le dejen datos. En este caso la central tendría que ir revisando a intervalos regulares si alguno de los clientes le ha dejado datos para sincronizarlos.
Lo que no entiendo es qué tiene que ver en esto el que la aplicación se ejecute en un PenDrive y el tema de la Base de Datos.
Selecciona la Base de Datos que te interese por cuestiones de desarrollo, luego a la hora de sincronizar, los datos necesarios puedes grabarlos en el formato que te sea más cómodo para importar/exportar e incluso puedes reducir el tamaño de la información que envías (esos datos) utilizando algun componente de compresión.