La forma más común es almacenando en la página WEB el programa y un fichero TXT (por ejemplo) con los datos de la versión.
(1) Desde tu programa te descargas el fichero TXT que podría ser así:
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version=1.1.0.1234
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(2) Comparas la versión de tu programa con la del fichero.
(3) Si la de tu programa es menor, debes actualizar.
(4a) Descargas el programa y lo guardas en un directorio temporal.
(4b) Cierras tu programa, pero antes lanzas una segunda aplicación (UPDATER) que se encarge de:
(A) Copiar el fichero descargado al lugar donde está tu aplicación
(B) Volver a ejecutar tu aplicación.
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