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Yo lo que haría sería un pequeño ejecutable en Delphi que comprobara la versión de la Base de Datos o de la aplicación y lanzara los Scripts si son necesarios. Desde la instalación de Inno puedes ejecutar una aplicación durante la instalación sin problemas y esperar a que acabe para continuar.
Otra opción es programar la actualización y comprobación en Inno Setup directamente utilizando Scripts, pero creo que eso te va a resultar más complicado.
Aun una más es que tu aplicación (en su versión) nueva compruebe al ejecutarse si debe actualizar la BD o no. Aunque ésta opción me parece poco óptima, ya que añades código que sólo se va a ejecutar una única vez.
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