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Lo primero que puedes hacer es cambiarles la extensión y ver si te funcionan. Eso dependerá de cómo los estés accediendo.
Por ejemplo, ADO si no recuerdo mal, permite acceder a ficheros MDB, aunque les hayas cambiado la extensión. Así pues si a tu Base de Datos MDB le colocas extensión .DWG (pr decir una) y configuras el ADOConexion la abrirá sin problemas.
Dependiendo del sistema/componente que uses para los ZIP, podrás hacer algo similar.
Es un primer paso.
Lo siguiente es proteger los ficheros utilizando las herramientas de cada uno. En este caso puedes utilizar password para ambos casos (tanto MDB como ZIP).
En el caso de los MDB aun puedes probar la opción de encriptación de la Base de Datos. Aunque ahora no recuerdo si es propia de Access o la soporta también ADO.
A partir de ahí podrías añadir encriptación propia; Pueder ser fácil con algun tipo de ficheros, pero con otros puede ser muy engorrosa.
Todo depende del nivel de "seguridad" que necesites.
Por último si todo esto te queda corta, tal vez sea necesario que te plantees cambiar a tipos de ficheros que de por sí, te ofrezcan más seguridad. En el caso de la Base de Datos está claro que puedes "saltar" a un SGBD (FB embebded, por ejemplo), en el resto habría que evaluarlo para cada caso.
Un saludo.
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