Hay diferentes formas de hacer esto. Podes dejar las partes "cambiantes" de la aplicación en un paquete o dll separado, de manera que crees una versión personalizada para cada cliente.
También podrias usar algún reporteador que te permita cambiar el diseño de los reportes en tiempo de ejecución, que lo hace el propio QuickReport en su edición profesional, y almacenar dichos diseños en archivos separados o incluso en una base de datos.
Hasta luego.
