Aunque la cosa no es fácil, en un principio habría que buscar un clave única que nos permite saber si un dato ya lo tenemos en nuestra tabla o no, en caso de no tenerlo lo añadimos, en nuestra aplicación no tendremos ningún problema pues conocemos las dependencias, incluso si las reglas de integridad y actualización en cascada están bien fijadas no habrá ningún problema.
El mayor problema que veo es la modificación de un dato en uno de los campos esto no se podría detectar.
Por ejemplo un cliente que ya tenemos en nuestra aplicación, en la otra le cambian el teléfono, en nuestra aplicación quedaría sin actualizar, ya que el cliente existe.
Un Saludo.
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