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Por lo que deduzco tienes la tabla y además datos y ahora pretentendes establecer ciertas reglas, claves....
El asunto es que esto debe de hacerse con las tablas vacias para evitar que exista alguna incoerencia en los datos y nos impidan poner las reglas, que precisamente son para evitar éstas.
Sino estoy deduciendo mal, lo que tienes que hacer antes de intentar poner una clave única es una consulta de valores repetidos para eliminarlos ya que sino te va a ser imposible establecer la clave.
Por otra parte cuando ningún campo pueda ser cadidato a clave primaria, se crea uno a dichos efectos, que aunque no es lo más aconsejable puede ser un autoincrementado.
Un Saludo.
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