CReo que lo más sencillo es que tu programa (del checkbox) registre una ShortCut global a nivel de sistema.
Por ejemplo, en
este hilo se muestra como registrar dos teclas de función.
A partir de ahí podrías probar a enviar teclas a la aplicación activa, sea con algun mensaje o utilizando algun procedimiento. Si buscas en los foros "sendkeys" encontrarás varios mensajes (
por ejemplo este) que te pueden servir.