No sabría por donde irá una solución a tu caso, pero al leer en este hilo sobre hash y colisiones recordé algo que me comentó un especialista de seguridad en Twitter: "las colisiones uno las puede evitar... a menos que sea eso lo que busca" y adjuntaba a sus palabras el siguiente
enlace.
El paper en cuestión expone justamente eso, demostrando algunas vulnerabilidades (entre otras que se dieron a conocer) de MD5.
Así que... hay que pensarlo bien.
Saludos,