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Mientras dure la ejecución de cada Query la aplicación se quedará congelada, eso creo que no lo podrás evitar.
Si sabes la cantidad de Querys que se van a ejecutar porque las tienes puestas tú las que se van a hacer o estas dentro de un bucle puedes poner la progressbar y actualizar al final de cada query, eso refrescará tu aplicación momentaneamente hasta que se ejecute la siguiente Query, pero al menos tendrás una orientación de por donde va y lo que le queda por terminar.
Tambien sería bueno que nos pusieras esa parte de código que te da tantos problemas para así poder ayudarte mejor.
Y por último, intentar optimizar al máximo las Querys, crear índices si es posible y necesario, etc.
Espero te sirva
Saludos
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