Hola Erika.
Buscá en la documentación del programa si este dispone de algun API (Application Program Interface) que te ptermita manipularlo de manera que podas interactuar programáticamente con él.
Una búsqueda en google por los términos
blast api devuelve un sin fin de resultados (unos 113,000) que me hacen pensar que hay algo bueno por este lado. Es de especializar mas la búsqueda para llegar a donde pretendes, pero dado que no tengo idea del uso del programa o de quien lo fabrica, pues es una tarea que he dejado para vos.
Hasta luego.
