Lo primero que diría es que no creo que se pueda hablar de algo "general"; Cada caso es diferente.
En este caso, comentas que el programa es para el cliente de forma específica y especial. Creo que en este caso es, hasta cierto punto lógico, que puedas/debas ofrecer el código fuente.
En el caso de tus librerías no creo que debas proporcionárselas, aunque sí debe tener forma de poder compilar su proyecto sin ellas (por ejemplo ofreciéndole los binarios compilados).
De todas formas, todo esto debe quedar claro en el momento de hacer el contrato. Lo que no puedes hacer es, una vez que ya está todo cerrado decir, esto no te lo doy o te lo vendo, porque eso no es "de recibo".
Otra opción es ofrecer esas librerías con una licencia diferente o incluso vender el código fuente (si lo desean) de forma independiente al programa.
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