Si los DNI de las consultas coindicen, supongo que podrías hacer una INNER JOIN. Algo así debería funcionar:
Código SQL
[-]SELECT tabla1.DNI, tabla1.Total as TOT1, tabla2.Total as TOT2, (Tabla1.Total - Tabla2.Total) AS RESTA From tabla1 inner JOIN tabla2
on Tabla1.DNI=tabla2.DNI