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Quizás sea la forma en que está escrita la consulta, que a mí me suena un poco extraña, no sé que BD usas, pero mira a ver si esto va mejor, omitiendo la tabla Anomalias en la cláusula FROM:
Select Principal.Cve_inst, Count(Anomalias.Cve_Inst)
From Principal
Inner Join Anomalias On Principal.Cve_Inst = Anomalias.Cve_Inst
Group By Principal.Cve_inst
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