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Hola,
Linux, tomado como una especie de clon de Unix, soporta la programación en casi cualquier lenguaje conocido.
(sin un orden particular) Delphi (Kylix), C++, Java, Mono... serían, tal vez, las opciones más recomendables para aplicaciones "nativas" (o a través de una máquina virtual)
PHP, Perl, Python... para el caso de aplicaciones basadas en lenguajes de script.
Saludos.
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