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Échale un vistazo a la tabla SysComments.
A parte de esto, te recomendo que mires alguna herramienta de comparación de Bases de Datos (AppexSQL, por ejemplo).
Os pueden ahorrar mucho trabajo, ya que hacen la comparación de todos estos elementos y generan de forma automática el Script necesario para sincroniar ambas Bases de Datos.
Este en concreto lo usamos para algo similar a lo que haces tú y funciona muy bien.
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