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Hay diversas formas, todo depende de lo que realmente te venga mejor. Independientemente de la base de datos que uses, sistema operativo y lenguaje de programación.
Es un tema que se ha tratado en diversas ocasiones, a ver si podemos encontrarlo.
Aunque básicamente es añadir las sentencias que necesites a un script o como registros en una tabla.
En tu software tienes una opción para detectar si hay nuevas sentencias a ejecutar, las procesas y marcas cuál es la útima ejecutada.
Esto último puedes hacerlo de mucha formas también, ya sea un fichero con la última sentencia ejecutada, o una tabla donde guardas las que se ejecutan:
create tbActualizaciones (id integer primary key, sentencia varchar(2000)... etc.) según necesites.
Al iniciar tu software compruebas la última sentencia ejecutada (el id de esa tabla) y miras si hay nuevas sentencias a ejecutar en un script, por ejemplo, o en una base de datos auxiliar, etc...
En fin, es un tema muy amplio que permite una variedad bastante amplia, a cada uno le viene mejor una forma u otra.
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