Hay varias alternativas:
(1) Hay quien lanza un programa previo (launcher) que es que comprueba y realiza las actualizaciones y que es el que lanza la aplicación real. Es decir los iconos que tú pones en el escritorio, grupo de programas,... no apuntan a tu aplicación sino al "Launcher"
(2) Otra opción es detectar la nueva versión y hacer la actualización al cerrar el programa. En ese caso puedes dejar al usuario la decisión de cerrar en ese momento (o más tarde); En ambos casos la actualización se hacer al cerrar.
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