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Puedes hacer una prueba de rendimiento con FireBird, no te llevará mucho tiempo, no tienes porque montar toda la aplicación sino crear las tablas que intercambian los datos y hacer una prueba. A mí me parece que va a ser más culpa de la velocidad de conexión que no del propio motor.
Si se confirma que las pruebas resultan parecidas de rendimiento, podrías probar a enviar ficheros de texto y luego importarlos con la otra aplicación.
Un Saludol.
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