El puerto al que conectes el scanner no lo decides tú por software. Si es un scanner que hace de puente al teclado (tengo uno a mano que va al puerto PS/2 y tiene un enlace al teclado), no debe haber ningún problema, están pensados para eso. Si lo que te preocupa es que se distinga la señal de uno u otro, a eso te contesto luego en un hilo tuyo donde lo preguntas.
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