Yo creo que no vas desencaminado.
Simplificando mucho, puedes tener la lista en el hilo principal y tener 2 threads:
* Uno para la búsqueda de ficheros que vaya añadiendo ficheros a la lista.
* Otro que realice el análisis de un fichero.
La app. principal (thread principal) debe lanzar el thread de búqueda (1) y a medida que van apareciendo elementos en la lista, debe ir lanzando el thread de análisis (1..N) para cada elementos encontrado.
NOTA: Si la búsqueda es sobre un espacio muy grande, se puede plantear el thread de búsqueda comno N.
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