Si no he entendido mal, tienes muchas opciones. Por ejemplo, tienes todas los cambios en la BD en una tabla específica, algo así como:
Cita:
numero..sentencia
1.......insert into...
2.......update tabla...
3.......delete registro...
4.......update otratabla...
5.......etc.
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Y en tu BD del programa puedes tener un campo que sea algo así como:
Cita:
ultimasentenciaejecutada
3
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Así que al iniciar el programa compruebas cuál es la última ejecutada en esa BD y ejecutas todas las siguientes al 3 (en este ejemplo).
Finalmente cambias ultimasentenciaejecutada por 5, en este caso.