No tiene nada que ver una conexión "por internet" a un servidor, con usar escritorio remoto.
Un escritorio remoto es como tener un teclado y pantalla conectado al servidor. Y en el servidor se estarán ejecutando instancias del programa ejecutable, que al mismo tiempo hará peticiones a un servidor de bases de datos, que puede ser local al mismo o externo.
No tengo ni idea de las limitaciones de licencia de "escritorio remoto" de windows, pero seguro que puedes usar otros programas similares que serán libres o gratis, y no tendrán esas limitaciones.
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